台州市卫生局下辖台州恩泽医疗中心（集团） （包括台州医院、台州市中心医院等）和台州市第二人民医院（位于天台）。

至于台州市立医院和台州市中医院、台州市第一人民医院、台州市中西医结合医院，虽名挂“台州”，实际分属椒江区卫生局、黄岩区卫生局、温岭市卫生局管辖，并非台州市卫生局直管。