深圳首府应该是指福田区。

按照我国民间的习惯用法，一般一个省或者一个地区都有所谓的首府，一个省的首府一般来说就是指省会城市，一个地级市的首府是指市政府所在地。但是，深圳是一个比较特殊的城市，作为副省级城市只有区没有县，而深圳市政府所在地是福田区，因此，深圳首府应该是指福田区。