南通市辖3个区、1个县、代管4个县级市。

南通市区有崇川区、港闸区、通州区和富民港办事处（与南通经济技术开发区管委会合署办公），下辖如东县、启东市、海门市、如皋市、海安市。有镇65个、街道37个，行政村1301个，社区624 个，场圃6个。

2018年5月14日，经国务院同意、民政部批复，撤销海安县，设立县级海安市，由省直辖，南通市代管。以原海安县行政区域为海安市行政区域，海安市人民政府驻中城街道长江中路106 号。