昆明海源学院学院现设有基础教学部、人文社科部，第一临床医学系、第二临床医学系、医学技术系、护理一系、护理二系、口腔系、文理系、公共卫生系、药学系，拥有海源学院附属医院-石林天奇医院、附属同仁医院，等各级各类实践教学基地。

共享昆明医科大学16个专业、10所附属医院、60多所教学医院、实习医院优质的教学资源。昆明医科大学10所附属医院均为大型综合“三级甲等医院”或省级专科医院。