G1603次高铁列车从南京南站到深圳北站总共有24站，08:40发车，19:30到达，全程耗时约10小时50分钟，G1603次高铁列车时刻表经过的站点有南京南站、溧水站、宜兴站、湖州站、杭州东站、桐庐站、千岛湖站、绩溪北站、黄山北站、德兴站、武夷山北站、延平西站、三明北站、永安南站、龙岩站、漳州站、漳浦站、云霄站、潮汕站、潮阳站、普宁站、陆丰站、惠州南站、深圳北站。