中铁港航工程局有限公司的前身是原广州中海工程建设总局，隶属于三九企业集团，后经资产重组并入华润集团。2008年11月，国资委将广州中海工程建设总局整体划归中国铁路工程总公司管理。2009年3月28日，组建成立了中铁港航工程局有限公司。

中国中铁股份公司对中铁港航工程局的发展定位是：力争在“十二五”末把中铁港航工程局打造成综合性建筑工程大公司，决定将中铁大桥局三公司、中铁五局三公司、中铁二局深圳公司整体重组并入中铁港航工程局。