南京审计学院分为两个校区，一个是莫愁湖校区，周围有南京晓庄学院，一个是江浦校区，周围有南京工业大学。

南京审计学院现在升级为南京审计大学，以审计专业和财经类专业为主导的大学，尤其是审计专业更是审计大学竞争的王牌专业。

南京审计大学莫愁湖校区为老校区，而江浦校区是其新校区，新校区有着南京最美大学校区的称号。