学校由创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院（简称“哈军工”）分建而成，经历了炮兵工程学院、华东工程学院、华东工学院等发展阶段，1993年更名为南京理工大学。

截至2020年4月，学校占地3118亩，建筑面积108万平方米设有20个学院，合作创办了两个独立学院馆藏中外文图书文献250余万册在校生30000余名，留学生1000余名教职工3200余人，专任教师2000余人。

2020年9月，南理工江阴校区正式启用。