截至2015年12月，南通科技职业学院共建有生物工程系、园林园艺系、环境与资源系、机电工程系、经济贸易与管理系、人文科学系、信息工程系、继续教育学院、天樱国际教育学院、基础教学部等教学机构，开设高职专科专业52个。