法学院最早追朔到1980年伊犁师范大学政教系，该系由原马列教研部、教育心理学教研室、德育教研室和历史教研室合并组成。

2003年伊犁师范大学进行内部机构改革，将政教系调整为法经系，开始招收法学、思政两个专业，并计划开设经济学专业。

2011年4月学校再次进行内部机构改革，将法经系更名为法政学院。2015年5月，学校基于新疆社会发展的实际以及伊犁州法律人才的实际需要，成立伊犁师范大学法学院。2016年在学校大力支持下，由法学院牵头申报贸易经济学和会计学专业并获批，2017年9月贸易经济学和会计学两个本科专业正式入校。2017年底，法学院法学专业获批法学一级硕士点，下设法理学、宪法与行政法学、经济法学和国际法学四个法学二级硕士点。