三个，分为天坛部、王府井部和西红门部三个院区。

天坛部位于古老的天坛公园西南侧

王府井部位于北京市王府井中心商业区的锡拉胡同

西红门部位于京开高速辅路大兴区西红门医院内。

依据北京市政府规划，医院按照"一址多点"的布局要求，天坛部拟整体搬迁至丰台区花乡地区，迁建工程项目已于2019年正式奠基开工。