因为PCR产物中还有没有反应掉的ddNTP、金属离子、Taq酶.尤其是金属离子，对连接的干扰作用较大.

1、 去除带有荧光染料的残余ddNTP，不然会有染料峰的干扰

2、 去除残留的酶等蛋白质，因为蛋白质带有苯环，也会对荧光信号的检测带来干扰

3、 毛细管电泳时，要有buffer来保持稳定的离子强度和pH，所以还要再测序前去除盐离子。