他们的区别在于职责的不同。总工程师的职责重点是主管公司技术方面的工作，比喻产品的开发，设计，生产过程中的技术要求，质量要求，产品的试制，等一系列的技术问题。

副经理的职责主要是负责公司的某一方面的管理工作，比较分管公司的生产管理，或者安全生产管理，或者财务方面的管理工作，他的重点协助公司总经理某一方面的管理工作。