造成水稻镉超标的原因并非是单一的，除了土壤本身含镉以外，随着我国工业化的发展，采矿冶炼产生的废水、废气的排放，含镉磷肥施用等，造成了耕地镉污染。据统计，我国有1300万公顷的耕地被镉污染。而水稻既是我国主要的粮食作物之一，也是容易蓄积镉的作物之一，稻田中的镉通过水稻的根系被吸收，并向上运输到茎、叶和稻米中。我国南方稻区由于酸性的红壤分布广(酸性土壤有效态镉含量高)，籼稻为主的种植模式(相对粳稻多数籼稻蓄积镉的能力更强)，加剧了稻米镉污染风险。
由于镉不是植物必需的矿质元素，一般认为水稻并没有特异性吸收镉的基因，而水稻中的镉则是通过被吸收的锰等必需矿质元素顺带被吸收进根系的，所以，低镉水稻在降低镉吸收的同时，会影响到锰的吸收。
