区别是税务上的，中小企业是一般纳税人，小规模企业不是一般纳税人，是小规模纳税人。中小企业，是指在中华人民共和国境内依法设立的，人员规模、经营规模相对较小的企业，包括中型企业、小型企业和微型企业。小规模企业是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人。

所称会计核算不健全是指不能正确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额。