中科院是国务院直属事业单位，在行政级别上与教育部平级。中科院包括100多个直属法人事业单位性质的研究所、2所大学（中科大和国科大）、网络中心、情报信息中心、中国科学报社、行政管理局、疗养院、附属公司、共建单位等多家机构。

中科大（全称为中国科学技术大学）和国科大（全称为中国科学院大学）都是中科院下属的大学。中科大成立于1958年。国科大由1978年成立的中科大研究生院发展而来。