1. 所有进入限制航行水域的船舶实施报告管理。船舶在进港前24小时内由船长向南通市地方海事局营船港海事所进行报告，报告内容包括船舶总吨位、实际吃水、装卸码头名称、装卸货种、装卸吨位等。
2. 船舶拟驶入限制航行水域前，应及时掌握限制航行水域水文、长江潮汐、拟停靠码头靠泊能力等信息，结合本船的型深、实际吃水等因素，合理选择进港时间，当拟通过水域水深等不能满足本船安全通行的条件时，必须采取选择安全水域停泊等候通过的措施，以防搁浅等事故的发生。
3. 由于限制航行水域水文条件复杂，船舶靠泊期间应切实采取安全有效的系泊或锚泊措施，落实足以保证船舶安全的船员值班，防止发生船舶断缆、走锚、搁浅、倾覆等险情。
4. 大风、大雾等恶劣天气、营船港闸引排水期间以及营船港闸开闸放船期间，禁止船舶进出港和港内移泊作业。
5. 限制航行水域内过驳设施、装卸单位以及船舶的停泊和作业不得影响过往船舶的航行安全。
6. 船舶超过限制航行标准或未经海事管理机构同意，擅自驶入限制航行水域，海事管理机构将依据《中华人民共和国内河交通安全管理条例》第六十八条规定，处5000元以上5万元以下的罚款情节严重的，禁止船舶进出港口或者责令停航，对责任船员给予暂扣适任证书或者其他适任证件3个月至6个月的处罚。同时依据《中华人民共和国船员违法记分办法》对船长记4分处理。
