黑河市下辖爱辉区、北安市、五大连池市、嫩江县、孙吴县、逊克县1个市辖区2个县级市3个县。境内有黑龙江省农垦总局北安、九三2个分局所属的25个农场，57个部队农场、21个其他国营直属农场和省森工总局通北林业局、沾河林业局所属的34个林场以及海关、税务等几十个中央、省直部门。