2000年，两所原国家示范性高等工程专科重点建设学校——南京机械高等专科学校与南京电力高等专科学校合并组建南京工程学院，2001年，原南京工业学校并入。学校办学历史悠久，可追溯至1915年的上海同济医工学堂（同济大学前身）创建的附设机师科和1946年创建的江苏省立苏州高级工业学校。学校合并组建十年来，秉承依托机械、电力、核工业等行业办学的优良传统，恪守“学以致用”的办学理念，弘扬“知行统一，创业创新”的校园精神，坚持走“产学研相融”的特色办学之路，创建了“多元化、多样性校企合作”教育模式，致力于培养高水平、有特色的应用型人才，学校的办学实力不断增强，办学水平不断提升。目前，已建设发展成拥有89个专业（方向），涵盖工学、经济学、管理学、文学、理学、法学等学科门类，特色鲜明的应用型本科院校，在校学生达2.45万人。