中山大学医学院位于中山大学深圳校区，由原中山大学基础医学院（深圳）、临床医学院（深圳）于2017年5月11日调整组建成立。原学院成立于2016年8月，是深圳校区首个建设并招生的学院。

医学院作为中山大学医科的重要组成部分，与位于广州的中山大学中山医学院平行建设，错位发展，重点发展感染与免疫、医学大数据与精准医学、干细胞与再生医学、神经科学、肿瘤生物学和代谢性疾病等学科方向。