福州大学和南京农业大学虽然都是211，但是福州大学主管部门是福建省，3个重点学科，全国排名84，而南京农业大学归属教育部，有8个重点学科，全国排名60，福州大学属于综合性大学，南京农业大学历史悠久，专业属性较强，综上所述，无论从哪方面比较都是南京农业大学较强。