汾阳学院是二本，是山西医科大学的一个二级学院，历史渊源很长，从汾阳护理高级学校开始算起现在也百年了，从医科大学开始管理挂牌也二十多年了，教学实力不错，培养的学生获得良好的口碑。

晋祠学院是三本，实际上就是挂了个医科大学的名字而已，民营资本参与，学校性质是盈利，办学出发点就没有汾阳学院好。

现在国家高教改革让三本要么民营化独立要么转为公办大学，目前晋祠学院还没有定论，从山西医学教育来说，目前有医科大学，中医药大学，长治医学院，大同大学，还有汾阳学院，实际上晋祠学院存在已经没有多大意义了。