菏泽市地处黄河下游，境内除巨野县有10平方公里的低山残丘外，其余均为黄河冲击平原，地势平坦，土层深厚，属华北平原新沉降盆地的一部分。

自西南向东北呈簸萁形逐渐降低，海拔高度为68~37米，平均坡降为1/4700。微地貌形态有河滩高地、缓平坡地、决口扇形地、垄岗高地、碟形洼地、沙质河槽地和背河槽洼地，以缓平坡地面积最大。