学校前身是1958年创办的井冈山大学，1963年，井冈山大学因国家经济困难而停办。

2003年7月，经教育部批准，由井冈山师范学院、井冈山医学高等专科学校、井冈山职业技术学院合并组建井冈山学院，同时筹建井冈山大学。2004年5月，中共江西省委任命了学校党政领导班子，顺利实现了三校实质性合并。2007年8月，江西省人民政府将井冈山学院划归省直属管理。2007年8月和2007年9月，教育部和江西省人民政府分别发文同意井冈山学院更名为井冈山大学。