合肥六十中前身为肥西县烟墩中学，创建于1969年，1997年10月划归合肥经济技术开发区管辖，学校更名为“合肥市第六十中学”。

2006年根据合肥市的统一规划，合肥六十中作为合肥市33所新建小区配套中小学之一，于2006年10月开始兴建。在市委市政府的高度重视下，在开发区管委会领导的关怀下，经过不到一年的紧张施工，一座占地96亩，48个教学班，建筑面积16000多平方米，400米标准化操场，总投资3000多万元的现代化学校拔地而起。学校在职教职工51人，专任教师49人，中学高级教师8人，中教一级教师28人，省级骨干教师2人，市级骨干教师5人，学历合格率100%，现有三个年级13个教学班，在校生690人。