昆明航空于2007年2月25日获得中国民航局批准筹建，2009年1月获得《公共航空运输企业经营许可证》，主要经营航空客货运输业务，主基地设在昆明。 昆明航空公司以昆明长水国际机场作为自己的基地机场，主要经营范围是国内支线航空客货运输业务。

2020年10月，被评为全国交通运输系统抗击新冠肺炎疫情先进集体。