菏泽牡丹区中学已连续1 5年被评为“省精神文明单位”，先后获得“山东省教书育人先进单位”“省初级中学先进单位”“省德育工作先进单位”“省校本培训示范化学校”“省教学示范化学校”“省法制教育示范化学校”，还被列为“国家级重点课题‘计算机与各学科课程整合’实验学校”“山东省大面积提高教学质量试点学校”“湖北大学实验基地”。2009年又被评为山东省素质教育先进单位、山东省国际交流与合作基地学校。