南京社保需要备案的。社保是员工入职后公司应该为员工缴纳的一项义务，与劳动合同是否备案没有关系，社保与劳动合同在员工的相关手续办理上是没有连带关系的，可独立操作的。办理社保就是要公司填社保增加的手续在网上或去社保所办理。