乙酰辅酶A在酶乙酰转移反应中是乙酰基团必需的载体和辅助因子，它由线粒体中的丙酮酸盐的氧化脱羧化、长链脂肪酸的氧化或特定氨基酸的氧化降解形成。

它是脂质生物合成的关键前体物质，是所有脂肪酸的来源。它正向调控丙酮酸羧化酶，也是神经递质醋胆素（acetylcholine）的关键前体。