黄河是由许多个湖盆水系演变而成的，到目前为止残留下来的湖泊较大的只有3个，它们是河源区的扎陵湖、鄂陵湖和下游的东平湖。

扎陵湖是黄河上游的大淡水湖，位于青海高原玛多县西部构造凹地内，居鄂陵湖西侧，湖面海拔4294米，东西长35公里，南北宽21.6公里，面积526平方公里，水深平均9米，蓄水量46亿立方米。

鄂陵湖位于青海省玛多县西部，是青藏高原上一个大型微咸水湖，湖面海拔4272米，南北长约32.3公里，东西宽约31.6公里，湖面面积610平方公里，平均水深17.6米，蓄水量107亿立方米。

东平湖是黄河下游仅有的一个天然湖泊，地处山东梁山、东平和平阴三县交界处，北临黄河，东依群山，东有大汶河来汇，西有京杭运河傍湖直接入黄河。