莆田只有一个港口，即莆田港。 莆田港由湄洲湾北岸的秀屿、东吴、兴化湾内的三江口港区组成。

秀屿港区：自秀屿5万吨级多用途码头起，向西至三江石化3000吨级液体化工码头。该港区是莆田港的主体港区，主要为整个莆田地区的煤炭、矿建材料、液体化工、粮食等大宗散货和重要物资中转运输服务。

现有千吨级以上生产性泊位4个，其中万吨级以上深水泊位2个，码头岸线长度724m，货物年综合通过能力185万吨，其中集装箱4万TEU。港区现有仓库及堆场面积8．8平方米。

东吴港区：现有湄洲湾电厂8000吨级煤炭过驳码头和2500吨级重件码头各1个，码头岸线212m，年通过能力150万吨，占地约6万平方米。

三江口港区：位于兴化湾底木兰溪与涵江汇合处，背靠涵江区，主要为当地生产物资运输服务。现有500吨级以上生产泊位4个，码头岸线227m，年通过能力37万吨，仓库及堆场面积约1．3万平方米。