北校区位于咸阳市秦都区渭阳中路，设基础医学院、第一临床医学院（下设中医系、中西医临床医学系）、第二临床医学院（下设临床医学系）、药学院、针灸推拿学院、护理学院、医学技术学院、公共卫生学院、人文管理学院、外语学院、国际教育学院、继续教育学院、马克思主义学院、体育部等14个教学单位和儿科学院、妇幼保健学院等2个医教协同共建单位，4所直属附属医院、14所非直属附属医院以及陕西中医药大学制药厂和陕西医史博物馆。