南通市通州区位于长江三角洲北翼。南起北纬31°52′的张芝山镇竖积洪村，北至北纬32°15′的刘桥镇米三桥村，南北间最大直线距离50公里西起东经120°41′的五接开沙岛，东至东经121°25′的南通滨海园区北侧，东西间最大直线距离85公里。东临黄海，海岸线长15.97公里西部地区南濒长江，江岸线长10.77公里西南与崇川区相接，东南与海门市为邻，北与如东县毗连，西北与如皋市接壤总面积1525.74平方公里，其中陆地面积1351.50平方公里、江海水域174.24平方公里。
全区横宽纵窄，土地平坦，耕层深厚，适耕性强。地势西北部较高，东南部和沿江、近海垦区较低。高程一般在3.80～4.50米，近海最低处为2.20米。交通便捷，新长铁路（支线）和宁通、盐通、通启高速公路穿境而过，通扬、通吕、通启运河和九圩港、遥望港、新江海河等大型骨干河道纵横交错，南端连接苏通长江公路大桥。建设中的沪通铁路长江大桥将把通州融入上海一小时经济圈。南通飞机场位于兴东街道，班机直飞北京、天津、广州、深圳、成都、昆明、武汉、重庆、沈阳、福州、桂林、哈尔滨、太原、南宁、西安、长沙、厦门、海口、青岛、珠海和温州等城市，2015年下半年，又陆续开通韩国、日本和中国台湾等航线。
