校徽原为广州市花：木棉花的图形。在科学城校区建成后改为新校徽。

新校徽外层为金黄的圆角方形，象征大地里层是红色底圆形，象征天。校徽有意反传统地用大地包裹着天，有革故鼎新、翻覆天地的含义。内里图案为一抽象化的“二中”二汉字，结合起来又像一个“元”字，图形简洁有张力。