鼓楼区历史源远流长，是南京城区开发较早的地区之一，距今六千多年前就有许多处原始村落存在。

周显王三十六年(公元前333年)，楚威王熊商打败越军后，在石头山置金陵邑，此为鼓楼区境第一个行政建置。