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学校起源于1958年创办的佛山师范学院和华南农学院佛山分院，其后佛山师范学院更名为佛山师范专科学校1986年2月，在佛山师范专科学校基础上创建佛山大学华南农学院佛山分院也先后更名为佛山兽医专科学校和佛山农牧高等专科学校。1995年3月，佛山大学和佛山农牧高等专科学校合并组建佛山科学技术学院，升格为本科。2005年2月，佛山职工医学院（创办于1924年）和佛山教育学院（创办于1960年）并入佛山科学技术学院。