差不多吧，各有各的优势，不过大理大学相对本科建校要早很多，是大理医学院（本科）起步，有硕士点，昆明学院是昆明大学升本后改名昆明学院，目前硕士点还在建设当中。当然选哪个大学关键在于你学的专业，专业是最重要的，其次是学校，倘若没法衡量，那我建议到学校实地考察。