南通辖3市1县3区，分别为崇川区、通州区、海门区、1个县（如东县）、代管3个县级市（启东市、如皋市、海安市。南通市有1个国家级高新区、4个国家级开发区和1个综合保税区、5个国家一类水运和航空开放口岸。海门市、海安县、启东市、如皋市、如东县均为全国百强县(市)。