1952年，佳木斯市第二中学成立。1985年，被省政府命名为省级重点中学。2003年，学校顺利通过省级示范高中的验收。2003年8月，把市第十中学校址纳入二中（2003年卖出）。2004年，收并佳木斯纸业集团高中教师。2008年6月，把原铁路三小校址纳入二中，使第二中学成为两地办学，同时兼有省重点、普通高中、民办、企业四种体制并存发展的新型高中。