学校创建于1958 年，前身为连云港市卫生学校，1988 年更名为江苏省连云港中药学校，2001 年被评为全国11 所重点中医药学校之一，2004 年升格为连云港中医药高等职业技术学校，同时挂牌“江苏联合职业技术学院连云港中医药分院”，是一所以实施五年一贯制高职专科教育为主，高、中职层次全日制教育相结合的连云港市属公办职业学校。