嘉兴学院共有12个二级分院，其中有3个在越秀校区分别是：商学院、建工学院、外国语学院7个在梁林校区分别是：医学院、文法学院、生物与化学工程学院、设计学院、数理与信息工程学院、材料与纺织工程学院、机电工程学院2个在平湖校区分别是：师范学院（公共艺术教育中心），应用技术学院。