南京市商务局是市政府工作部门。根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈南京市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕63号）和《中共南京市委、南京市人民政府关于南京市人民政府机构改革的实施意见》（宁委〔2010〕43号）设立的，挂市粮食局牌子，承担推进内外贸融合以及现代服务业发展的责任。中共南京市委商务工作委员会（以下简称市委商务工委）为市委派出机构，与市商务局合署办公。