1927年，仲恺农工学校正式成立，何香凝先生任首任校长15年，这所学校是为纪念廖仲恺先生爱护农工的意愿而决定创办的。

抗战期间，学校几经迁移，佛山南海县西樵山、中山县南屏乡、澳门、韶关、云浮等地都曾经是学校办学之地。

1946年，重返广州，在原址办学。

1950年，学校更名为广东省仲恺高级农业技术学校。

1954年，学校更名为广东省仲恺农业学校。

1984年，学校升为本科院校，更名为仲恺农业技术学院，原囯家副主席王震将军题写校名，并于1987年任名誉董事长。此后，历届学校董事长均由在任广东省省长担任

2006年，获得硕士学位授予权。

2008年，学校更名为仲恺农业工程学院。