南京信息工程大学的特殊在与和中国科学院大学签署合作协议，作为国科大签约合作的第一所地方高校，进行本-硕-博一体化联合培养项目，实现协同育人。

学生单独编班，长望学院管理，教学计划、教学大纲由两校共同制订，安排双方教师共同授课，发毕业证书和学位证书，注明两校联合培养，并加盖中国科学院大学公章，双方共同为联合培养学生颁发校友证。

联合培养的300名学生中，择优选拔三分之一左右学生推荐免试攻读中国科学院大学硕士研究生学生拟攻读博士学位的，由中国科学院大学择优采取硕博连读方式选拔。