区别是历史不同、居住学生不同。1、历史不同：南京大学鼓楼校区为南京大学三大校区之一，全国重点文物保护单位金陵大学旧址所在地。1952年南京大学由四牌楼迁往鼓楼办学，鼓楼校区也成为南京大学主校区，直至南京大学仙林校区启用。南京大学仙林校区建设得到大量社会捐赠，几乎每幢楼每个建设项目都有校友、政府援建。

仙林校区2009年9月投入使用，2012年成为南京大学主校区。2012年，国际小行星命名委员会批准国际编号为187707的小行星正式命名为“南大仙林星”。

2、居住学生不同：仙林校区目前在1-3年级，所有本科生都将留在仙林校区。仙林位于南京大学仙林校区，2地铁线路鼓楼校园是一名大四学生和一名研究生。