哈尔滨医科大学现在主要有两个校区。第1个就是位于哈尔滨市保健路上的主校区。这个校区提供了哈尔滨医科大学绝大部分最顶尖的科研和教学力量。与哈尔滨医科大学附属第二医院临街相望。

第2个校区就是位于大庆市。这个校区是为了方便哈尔滨和大学进行教学设置的分校，从科研力量和交通便利程度上来讲是不如主校区的。