华西医学院和北大医学部比较，肯定是北大医学部更好些。四川大学华西医学院和北大医学部都是我国非常顶级的医学部，但华西医学院跟北京大学医学部比较还是要逊色一些的。毕竟四川大学跟北京大学还是有较大差别的，其医学部也存在一定差距。