重庆市巴蜀中学校创办于1933年1954年西南大区撤销，学校交重庆市教育局直管1955年8月，巴蜀学校一分为三，中学部改为重庆市第四十一中学校1978年，学校被确定为四川省首批重点中学1991年恢复更名为重庆市巴蜀中学校。2015年7月16日，重庆巴蜀中学下划渝中区教育委员会管理。