巴尔干半岛大部为山地(约占总面积的十分之七)。主要山脉有:西部沿海的狄那里克阿尔卑斯山脉，西北-东南走向，纵贯半岛，主峰耶泽尔察(在阿尔巴尼亚北部)海拔2693米东北部的巴尔干山脉，横亘保加利亚全境，主峰博特夫，海拔2376米南部的罗多彼山脉，沿爱琴海岸呈东西走向，穆萨拉峰海拔2925米，是半岛的最高峰。