三沙市属热带海洋性季风气候.全年为夏季天气，热量和气温均为全国之冠，气温平均在25度至38度之间但由于海洋的调节，少有酷暑。每年10月至次年3月为东北季风盛行期，5月至9月为西南季风盛行期，平均风速6米/秒左右。平均每年发生台风6～7次，最多达10余次，其中70%来源于西太平洋，30%来源于南海本身，台风旺季为每年7～10月。年平均雨量在1500～1900毫米之间，但在时间上分配不均，每年12月至次年5月为少雨期，6月至11月为多雨期，故一年只有两季，前者为干季，后者为湿季。